2008年新农村指导员驻村以后，为进一步管理好和发挥好新一轮新农村指导员作用，永善县新农村建设工作队办公室在原有一整套新农村指导员管理制度的基础上推陈出新，完善指导员管理制度，坚持用好的制度和机制推动新农村指导员管理工作的良性运转。
一是完善工作作风制度。强调作风建设，树立良好形象。做到为民、务实，严格遵守政治纪律、组织纪律、工作纪律和群众纪律，严格遵守指导员“五不准”工作纪律，做到不扰民、不添乱、不违纪，用作风和业绩赢得基层干部群众的支持和尊重。
二是完善岗位职责制度。要求新农村建设指导员接好班，服好务，抓好落实。把党在农村的方针政策与驻村的具体情况结合起来，把深入细致的调查研究作为创新的前提和有所作为的基础，认真开展调查研究，深入掌握驻村地理环境、资源优势、发展潜力、风土人情和社情民意，创新工作方法，研究新情况、解决新问题，为驻村发展出谋划策。
三是完善学习管理制度。要求驻村指导员加强学习，努力掌握党在农村的方针政策，掌握农村工作思路，研究农村工作方法，切实把理论与实践相结合，积极探索做好驻村指导工作的好经验、好思路、好方法，为驻村开展工作探索路子、积累经验，打牢基础。
四是完善联络交流制度。要求各新农村工作队和指导员加强日常联系，完善工作例会制度、工作通报制度，及时反馈工作情况，定时上报工作进度，以解决实际困难，研究驻村工作中出现的新情况、新问题，整合力量，使新农村指导员工作实现持续发展。
五是完善请、销假制度。健全完善指导员请销假制度和工作日考勤制度。严格执行《指导员工作手册》中关于请销假制度的规定，工作队长填写好《考勤表》，以备乡镇党委和上级部门定期或不定期检查或抽查，实现党委管理，队长落实，村党支部监督。
六是完善监督考核制度。要求新农村办公室和乡镇党委切实履好职，把指导员日常管理和年终考评结合起来，形成科学规范的工作运行机制，针对驻村指导员工作、学习、作风、纪律等，在“德、能、勤、绩”方面的情况开展每年两次的考核工作，并作为原单位公务员年度考核的结果和干部选拔任用的重要依据。